《兄妹授课》是一部校园奇幻悬疑漫画，讲述天才高中生哥哥沈承睿每日深夜为双胞胎妹妹沈知遥进行“秘密补习”，内容却远超课本——他教授的是如何控制情绪、预判他人行为乃至短暂改变现实的“思维框架术”。沈知遥逐渐发现自己每次上完课后，第二天身边总会出现微小的“现实错位”，而哥哥似乎对这一切早有预料。随着课程深入，她惊觉哥哥的笔记本里夹着一张班级合影，照片上所有同学的脸都被涂黑，唯独她和哥哥完好，这似乎指向一场被所有人遗忘的校园集体事故。
沈知遥偷看哥哥的旧相册，发现一张班级合照中她的位置站着一个陌生女孩，而哥哥正对着那个女孩微笑。她质问承睿，承睿沉默良久后说：“那是你，也不是你。”
承睿突然宣布授课结束，说知遥已经掌握所有框架。知遥不愿停止，追问他到底在害怕什么。承睿转身望向窗外：“我怕你知道真相后，会恨我。”
沈知遥在课堂上无意间发动“现实改写”，把教室的墙变成了透明玻璃，窗外是星河。她惊慌失措，承睿却轻轻握住她的手说：“别怕，这是你的天赋。”
沈知遥按照哥哥的方法训练观察力，她翻出旧照片细看，发现那些被涂黑的脸其实是她自己用蜡笔涂抹的——但记忆里她从未这样做过。
每晚十二点整，沈知遥的手机都会收到一条来自“未知号码”的提醒：“授课即将开始，请到天台。”她第一次走上去时，承睿已经摆好了两把椅子和一盏台灯。
哥哥沈承睿突然让沈知遥每晚准时到天台参加“特殊课程”，第一节课的内容是“用想象力改变硬币的正反面”。沈知遥觉得荒唐，但她抛出的硬币真的在空中翻转了三次。